Stand: März 2012
Kontakt: Prof. Dr. Thomas Winckler
Retrotransposition von TRE5-A in Mutanten der DNA-Reparatur
TRE5-A ist ein Retrotransposon in Dictyostelium discoideum, das hochspezifisch oberhalb von tRNA-Genen in das Genom der Wirtszelle integriert. Wir interessieren uns einerseits für den Mechanismus der Integrationsziel-Erkennung, andererseits aber auch für Wirtsproteine, die an einer erfolgreichen Retrotransposition von TRE5-A aktiv mitwirken. Auch wenn der Retrotranspositions-Mechanismus nicht im Detail bekannt ist, kann man davon ausgehen, dass DNA-Reparaturenzyme der Wirtszelle aktiv an der Integration des Retrotransposons mitwirken, beispielsweise um die durch das Retrotransposon im Genom verursachten Einzel- und/oder Doppelstrangbrüche zu reparieren. Es sind Dictyostelium-Mutanten verfügbar, die Gendefekte in komponenten der DNA-Reparatur über homologe Rekombination (HR) oder "non-homologous end-joining" (NHEJ) aufweisen. Wir wollen in diesem Projekt einen von uns entwickelten In-vivo-Retrotranspositionstest verwenden, um die Retrotransposition von TRE5-A in DNA-Reparatur-Mutanten zu bestimmen.
Charakterisierung der Minusstrang-RNA des Retrotransposons TRE5-A
Retrotransposons vermehren sich den Genomen von Wirtszellen, indem sie ihre eigene Plusstrang-RNA in DNA kopieren und dann ins Genom integrieren. Das Dictyostelium-Retrotransposon TRE5-A generiert zusätzlich zur Plusstrang-RNA auch Minusstrang-RNA, deren Funktion für die Biologie des Retrotransposons allerdings völlig unklar ist. In dem Projekt wollen wir untersuchen, welche Bereiche des Retrotransposons die Minusstrang-RNA umfasst. Insbesondere soll untersucht werden, ob die Minustrang-RNA bisher unbekannte Protein-kodierende Kapazität besitzen könnte. Dazu wird aus Dictyostelium-Zellen RNA isoliert und TRE5-A-Minusstrang-RNAs mit biotinylierten, strangspezifischen Primern angereichert. Die isolierten RNAs werden kann in DNA umgeschrieben und sequenziert.
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