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Ökologie hat die längstmögliche Tradition in Jena, denn hier wurde der Begriff im Jahr 1866 von Ernst Haeckel erstmals verwendet, um eine neueTeildisziplin innerhalb der Biologie zu definieren, die sich mit den Wechselwirkungen zwischen den Organismen und ihrer Umwelt beschäftigt. Heute besteht das Institut für Ökologie aus sieben Arbeitsgruppen mit insgesamt rund 90 Mitarbeitern, Doktoranden bzw. Doktorandinnen und Diplomanden bzw. Diplomandinnen. Die Forschungsschwerpunkte liegen in der Biodiversitätsforschung, der Evolutionären Verhaltensökologie, der Polarökologie, der Sukzessions-forschung und der Anwendung von Multivariater Statistik für die Ökosystemanalyse. Zusammen mit den beiden Max-Planck-Instituten für Chemische Ökologie (gegründet 1996) und Biogeochemie (gegründet 1997) hat sich Jena zu einem Zentrum der ökologischen Forschung in Deutschland entwickelt.
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