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Die Sammlungen leisten einen wertvollen Beitrag zur Lehre und dienen der Ausbildung junger Wissenschaftler. Sie nehmen zum Teil auf nationaler und internationaler Ebene Spitzenpositionen ein und sind Gegenstand zahlreicher Forschungsprojekte. Zu den öffentlich zugänglichen Sammlungen gehören das Phyletische Museum, das als weltweit einmalige Institution Evolutionsgeschichte thematisiert, das Ernst-Haeckel-Memorialmuseum, die auf Goethe zurückgehende Mineralogische Sammlung und der zweitälteste Botanische Garten Mitteleuropas. Das Schiller Gartenhaus und die Goethe-Gedenkstätte am Botanischen Garten erinnern an das Wirken dieser beiden Lichtgestalten in Jena. Beide Häuser sind gleichfalls für die Öffentlichkeit zugänglich.
Sonderausstellungen"Klassiker - Deutsche Erzlagerstätten und ihre Minerale", Sonderausstellung in der Mineralogischen Sammlung ab 10. Mai "Tierische Bilder", Sonderausstellung in der Galerie Stadtspeicher vom 29. März bis 10. Juni 2012 mit historischen Lehrtafeln der Sammlung AG Biologiedidaktik und Original-Aquarellen von Dr. Gunnar Brehm
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