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Die Sammlungen leisten einen wertvollen Beitrag zur Lehre und dienen der Ausbildung junger Wissenschaftler. Sie nehmen zum Teil auf nationaler und internationaler Ebene Spitzenpositionen ein und sind Gegenstand zahlreicher Forschungsprojekte. Zu den öffentlich zugänglichen Sammlungen gehören das Phyletische Museum, das als weltweit einmalige Institution Evolutionsgeschichte thematisiert, das Ernst-Haeckel-Memorialmuseum, die auf Goethe zurückgehende Mineralogische Sammlung und der zweitälteste Botanische Garten Mitteleuropas. Das Schiller Gartenhaus und die Goethe-Gedenkstätte am Botanischen Garten erinnern an das Wirken dieser beiden Lichtgestalten in Jena. Beide Häuser sind gleichfalls für die Öffentlichkeit zugänglich.
Sonderausstellungen"Sex and Insects" Sonderausstellung im Phyletischen Museum bis Herbst 2012 "In Hülle und Fülle" Sonderausstellung in der Mineralogischen Sammlung vom 23. November 2011 bis 22. März 2012 "Herakles und Co. Griechische Götter und Helden aus den Antikensammlungen der Universitäten Jena und Gießen" ab 28. Oktober 2011 im Stadtmuseum Jena (Markt 7)
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