Das Präsidium leitet die Universität und besteht aus dem Präsidenten, der Vizepräsidentin für Studium und Lehre, dem Vizepräsidenten für Forschung und dem Vizepräsidenten für wissenschaftlichen Nachwuchs und Gleichstellung sowie dem Kanzler. Der Präsident führt den Vorsitz im Präsidium und legt die Richtlinien für das Präsidium fest. Die Vizepräsidentin und die Vizepräsidenten nehmen die Aufgaben in ihren Geschäftsbereichen eigenverantwortlich wahr. Der Kanzler ist Beauftragter für den Haushalt und leitet die Verwaltung.
Das Organigramm zeigt sowohl die administrative als auch die akademische Struktur der Friedrich-Schiller-Universität Jena.
