Research projects

The Cluster of Excellence of Friedrich Schiller University:

EXC 2051: Balance of the MicroverseExternal link

The German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-LeipzigExternal link receives funding from the DFG since 2012.

DFG Collaborative Research Centres:

CRC 1076 AquaDiva: Understanding the Links Between Surface and Subsurface Biogeosphere (since 2013)
Spokesperson: Prof. Dr Kirsten Küsel

CRC/TR 124 FungiNet: Pathogenic fungi and their human host: Networks of interactionExternal link (since 2013)
Spokesperson: Prof. Dr Axel BrakhageExternal link

CRC 1127 ChemBioSys: Chemical Mediators in Complex BiosystemsExternal link (since 2014)
Spokesperson: Prof. Dr Christian HertweckExternal link

CRC 1278 Polymer-based nanoparticle libraries for targeted anti-inflammatory strategies (since 2017)
Spokesperson: Prof. Dr Ulrich S. Schubert

CRC/TR 234 CataLIGHT: Light-driven Molecular Catalysts in Hierarchically Structured Materials – Synthesis and Mechanistic Studies (since 2018)
Spokesperson: Prof. Dr Sven RauExternal link (Ulm University)
Co-Spokesperson: Prof. Dr Benjamin Dietzek de

CRC 1375 NOA: Nonlinear Optics down to Atomic Scales (since 2019) 
Spokesperson: Prof. Dr Stefanie Gräfe

CRC/TR 294: Structural Change of PropertyExternal link (since 2021)
Spokesperson: Prof. Dr Hartmut RosaExternal link

Participations in DFG Collaborative Research Centres

CRC/TRR 212 A Novel Synthesis of Individualisation across Behaviour, Ecology and Evolution: Niche Choice, Niche Conformance, Niche ConstructionExternal link
University of Jena collaborateur: Prof. Dr Holger Schielzeth

CRC 1288 Practices of comparisons: Ordering and changing the worldExternal link (since 2017)
University of Jena collaborateur: Prof. Dr Johannes GraveExternal link

CRC 1456 Mathematics of Experiment: The challenge of indirect measurements in the natural sciencesExternal link (since 2021)
University of Jena collaborateur: Prof. Dr Michael HabeckExternal link

CRC/TRR 306 Quantum Cooperativity of Light and Matter – QuCoLiMaExternal link (since 2021)
University of Jena collaborateur: Prof. Dr Ralf Röhlsberger  de

CRC 1507 Protein Assemblies and Machineries in Cell MembranesExternal link (since 2022)
University of Jena collaborateur: Prof. Dr. Ute HellmichExternal link

CRC 1412 Situational and functional aspects of linguistic knowledge External link(since 2020)
University of Jena collaborateur: Prof. Dr. Melanie Weirich de

Completed DFG Collaborative Research Centres

 DFG Research Training Groups

RTG 2155 ProMoAgeExternal link (since 2016)
Spokesperson MLU Halle: Prof. Dr Andreas SimmExternal link 
Deputy Spokesperson University of Jena: Prof. Dr Regine HellerExternal link

IRTG 2324 TreeDì – Tree Diversity Interactions: The role of tree-tree interactions in local neighbourhoods in Chinese subtropical forestsExternal link (since 2017)
Spokesperson: Prof. Dr Helge BruelheideExternal link
Friedrich Schiller University is one of the applicant universities.

RTG 2522 Strong Dynamics & Criticality in Quantum and Gravitational Systems External link (since 2019)
Spokesperson: Prof. Dr Holger GiesExternal link

IRTG 2675 META-ACTIVE: Tailored metasurfaces – generating, programming  and detecting light (since 2021)
Spokesperson: Prof. Dr Isabelle Staude

RTG 2732 M-M-M: Materials-Microbe-Microenvironment: Antimicrobial biomaterials with tailored structures and properties (since 2022)
Spokesperson: Prof. Dr Klaus Jandt de de
Co-Spokesperson:  Prof. Dr Bettina LöfflerExternal link

RTG 2792 Autonomy of Heteronomous Texts in Antiqity and the Middle AgesExternal link (since 2022)
Spokesperson: Prof. Dr Katharina Bracht de
Co-Spokesperson: Prof. Dr Matthias PerkamsExternal link

RTG 3014 Phlnt - Photo-polarizable interfaces and membranes (since 2024)
Spokesperson: Prof. Indra Schröder External link

RTG 3040 COIN - Copolymer Informatics: Blending digital technologies and copolymer chemistry - from design to application (since 2024)
Spokesperson: Prof. Ulrich S. Schubert
Co-Spokesperson: Prof. Holger Ruckdäschel (Uni Bayreuth)

Further graduate schools / graduate colleges and doctoral schools

Jena School for Microbial CommunicationExternal link

Graduate School Human Behaviour in Social and Economic Change (GSBC)

Jena School Molecular MedicineExternal link

Abbe School of Photonics

Kolleg Globale BildungExternal link

Frege-Kolleg – Doctoral Programme of the Faculty of Mathematics and Computer Science de

Joint graduate schools / graduate colleges with non-university research institutions 

International Max Planck Research School "The Exploration of Ecological Interactions with Molecular and Chemical Techniques"External link

International Max Planck Research School for Global Biogeochemical CyclesExternal link

International Leibniz Research School for Microbial and Biomolecular InteractionExternal link

Helmholtz Interdisciplinary Graduate School for Environmental ResearchExternal link (HIGRADE)

Leibniz Graduate School on AgeingExternal link

Advanced Photon Science Graduate School of the Helmholtz Institute JenaExternal link (HRS-AP)

International Max Planck Research School for the Science of Human HistoryExternal link

 

completed DFG Research Training Groups

DFG Research Units

RU 2518 Functional dynamics of ion channels and transporters (DynIon)External link (since 2015)
Spokesperson: Prof. Dr Klaus BenndorfExternal link

RU 2783 Probing the Quantum Vacuum at the High-Intensity FrontierExternal link (since 2019)
Spokesperson: Prof. Dr Holger GiesExternal link

RU 5000 Biotic interactions, community assembly, and eco-evolutionary dynamics as drivers of long-term biodiversity-ecosystems functioning relationshipsExternal link (since 2019)
Spokesperson: Prof. Dr Nico EisenhauerExternal link (German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig)

RU 3004 SYNABS – Synaptic pathology in autoimmunie encephalitiesExternal link (since 2019)
Spokesperson: Prof. Dr Christian GeisExternal link

RU 5151 Quantifying Liver Perfusion-Funtction Relationship in Complex Resection – A Systems Medicine Approach (QuaLiPerF)External link (since 2020)
Spokesperson: Prof. Dr Uta DahmenExternal link

RU 5301 FuncHeal – The next generation of artificial self-healing materials (since 2022)
Spokesperson: Prof. Dr Ulrich S. Schubert

RU 5547 Deciphering the role of primary ciliary dynamics in tissue organization and functionExternal link (since 2023)
Spokesperson: Prof. Dr. Jay GopalakrishnanExternal link

 

completed DFG Research Units

DFG Priority Programmes

PP 2248 Polymer-based Batteries
Spokesperson: Prof. Dr Ulrich S. Schubert de

PP 2491 Interactive Switching of Spin States (Start: 2025) 
Spokesperson: Prof. Dr Birgit Weber de

PP 2240:  Bioelectrochemical and engineering fundamentals to establish electro-biotechnolgy for biosynthesis – Power to value-added products (eBiotech)External link
Spokesperson: Prof. Dr. Miriam Agler-RosenbaumExternal link (FSU Jena & Leibniz HKI)

Completed DFG Priority Programmes

Chemoproteomic strategies for probing outer membrane vesicles and their role in gut microbial interactionsExternal link (since 2023)
Applicant: Dr. Markus LakemeyerExternal link

Chemical Coevolution of Animals and PlantsExternal link (since 2020)
Applicant: Dr. Omer NevoExternal link

Imaging electronic structure changes in molecules using tailored laser fieldsExternal link (since 2020)
Applicant: Dr. Matthias Kübel-Schwarz de

Building quantum space-time: spin foams and the renormalization groupExternal link (since 2019)
Applicant: Dr. Sebastian Steinhaus

 

Neuprogrammierte Seide External link(seit 2023)
Applicant: Prof. Dr. Philipp Seib de, Institut für Pharmazie

Schritt für Schritt zum Ursprung des Lebens. Bildung komplexer organischer und präbiotischer Moleküle im WeltraumExternal link (seit 2023)
Applicant: Dr. Alexey Potapov de, Institut für Geowissenschaften

Gentransfer für globale Herausforderungen – Untersuchung von Polymer-Membran-Wechselwirkungen zur Effizienzsteigerung von neuartigen PolymerenExternal link (seit 2023)
Applicant: Dr.-Ing. Anja Träger de, LS Organische Chemie II

Anwendungen der Analytischen Ultrazentrifuge für die Nanotechnologien des 21. Jahrhunderts External link(seit 2023)
Applicant: Prof. Dr. Ivo Nischang de, Institut für Organische Chemie und Maktromolekulare Chemie

Politiken der Gleichheit – Eine Ethnografie zur Gleichstellungspraxis im Feld der WissenschaftExternal link (seit 2022)
Applicant: PD Dr. Victoria Hegner

Phonetische Variabilität im sozialen KontextExternal link (seit 2021)
Applicant: Prof. Dr. Melanie Weirich de, Institut für Germanistische Sprachwissenschaften

Starke Wechselwirkungen jenseits des Standardmodells: Confinement und Gauge-Gravity Dualitäten auf dem Gitter External link(seit 2020)
Applicant: PD Dr. Georg Bergner de Theoretisch-Physikalisches Institut

Kontrolle von transversale Modenwechselwirkung in hoch-Leistung FaserlasersystemeExternal link (seit 2019)
Applicant: Dr.-Ing. Cesar Jauregui Misas, Institut für Angewandte Physik

Sprachkontakt, Sprachgeschichte und Arealtypologie im Kaukasus und angrenzenden GebietenExternal link (seit 2019)
Applicant: Prof. Dr. Diana Forker de, Institut für Slawistik und Kaukasusstudien

Vergleichende Untersuchungen von neuronalen Integrationsprozessen entlang der Hörbahn in einfachen SystemenExternal link (2017-2024)
Applicant:Prof. Dr. Manuela Nowotny, Institut Zoologie und Evolutionsforschung

Folgen strukturell definierter DNA-Läsionen in Humanzellen: Reparatur und Bedeutung für die GentranskriptionExternal link (2019-2021)
Applicant: Prof. Dr. Andriy Khobta de,  Institut für Ernährungswissenschaften

Nichtreduktive Lie-Algebren, ihre symmetrische Invarianten und Beziehungen mit der DarstellungstheorieExternal link (2018-2021)
Applicant: Prof. Dr. Oksana Yakimova de, Institut für Mathematik

Die holographische Dualität - Grundlagen und AnwendungenExternal link (2018-2020)
Applicant: Prof. Dr. Martin Ammon de, Theoretisch-Physikalisches Institut

Germanistische MediävistikExternal link (2018-2020)
Applicant: PD Dr. Wolfgang Beck, Institut für Germanistische Literaturwisenschaft

Affektive Entwicklung: Erleben und Kommunikation. Quer- und längsschnittliche Untersuchungen im Altersbereich von der Jugend bis ins hohe AlterExternal link (2015-2017)
Applicant: Prof. Dr. Michaela Riediger de, Institut für Psychologie

Vergleichende Geschichte Gesamteuropas und Nordamerikas in der ModerneExternal link (2015-2017)
Applicant:Prof. Dr. Carola DietzeExternal link, Historisches Institut

Topologische, geometrische und probabilistische Aspekte Dynamischer SystemeExternal link (2014-2018)
Applicant: Prof. Dr. Tobias Henrik Oertel-JägerExternal link, Institut für Mathematik

Ur- und FrühgeschichteExternal link (2013-2021)
Applicant: PD Dr. Tobias Mühlenbruch de,  Institut für Orientalistik, Indogermanistik, Ur- und Frühgeschichtliche Archäologie

Ultrathin free-standing carbon heterostructuresExternal link (2012-2014)
Applicant: Prof. Dr. Andrey Turchanin, Institut für Physikalische Chemie

Der Einfluss vergangener Erfahrungen auf menschliche Wahrnehmung: elektrophysiologische, neuroimaging und Verhaltensexperimente. Thema- Psychologie External link(2011-2018)
Applicant: Prof. Dr. Gyula Kovács de, Institut für Psychologie

SprachwissenschaftenExternal link (2011-2013)
Applicant: Prof. Dr. Martin Joachim Kümmel de, Institut für Orientalistik, Indogermanistik, Ur- und Frühgeschichtliche Archäologie

Konsequenzen des Artensterbens in komplexen NahrungsnetzenExternal link (2009-2016)
Applicant: Prof. Dr. Ulrich BroseExternal link, Institut für Biodiversität

Semitische Philologie External link(2009-2011)
Applicant: PD Dr. Peter Stein de, Theologische Fakultät

Theoretische PhysikExternal link (2007-2015)
Applicant: Prof. Dr. Holger Gies de, Theoretisch-Physikalisches Institut

GenetikExternal link (2007-2010)
Applicant: Prof. Dr. Berit Jungnickel de, Insitut für Biochemie und Biophysik

PhilosophieExternal link (2007-2009)
Applicant: Prof. Dr. Matthias Perkams, Institut für Altertumswissenschaften

Extremale geometrische Lagerungsprobleme und approximationstheoretische AnwendungenExternal link (2004-2010)
Applicant: PD Dr. Christian Richter de, Institut für Mathematik

Function spaces on fractals, and envelopes External link(2003-2010)
Applicant: Prof. Dr. Dorothee Haroske de, Insitut für Mathematik

BodenwissenschaftenExternal link (1999-2006)
Applicant: Prof. Dr. Kai Uwe Totsche de, Institut für Geowissenschaften

Physikalische Chemie von PolymerenExternal link (1999-2003)
Applicant: Prof. Dr. Ulrich S. Schubert de, Insitut für Organische Chemie und Makromolekulare Chemie

BiophysikExternal link (1998-2003)
Applicant: Prof. Dr. Stefan Schuster de, Matthias-Schleiden-Institut für Genetik, Bioinformatik, Molekulare Botanik

MolekularbiologieExternal link (1997-2002)
Applicant: PD Dr. Sabine Brantl de, Matthias-Schleiden-Institut für Genetik, Bioinformatik, Molekulare Botanik

Of the numerous funded projects of the Federal Ministry o Education and Research (BMBF) should be explicitly mentioned:

Innovative Hochschule

• Nucleus Jena  External link (in german only) 

Research Campus

• Forschungscampus InfectoGnosticsExternal link

Twenty20 - Partnerships for Innovation

• 3DsensationExternal link
• InfectControl2020 - Neue AntiinfektionsstrategienExternal link (in german only)

Centres for Innovation Competences

• SEPTOMICSExternal link
• astrOOptics
• Opticon en

Käte Hamburger International Centres

• Imre Kertész Kolleg JenaExternal link

Förderung von Gesundheitsregionen

• Vorteil JenaExternal link

Quantentechnologien

• PhoQuant External linkExterner LinkExternal link
• QuantIm4Life External linkExterner LinkExternal link
• QOMPLEX External linkExterner LinkExternal link

RUBIN

• UKPinoExternal link

Nachwuchsgruppen

• flumenExternal linkExterner LinkExternal link
• NuCo  de

ERC Starting Grants

MultiBonds - Understanding and designing inorganic materials properties based on two- and multicenter bondsExternal link (2025-2029)
Projektleitung: Prof. Dr. Janine George de, Professur für Materialinformatik

CILCat - Nanocarbon-Ionic Liquid-Interfaces for Catalytic Activation of NitrogenExternal link (2022-2027)
Projektleitung: Prof. Dr. Martin Oschatz de, Institut für Technische Chemie und Umweltchemie

DAFNE - Discretization and adaptive approximation of fully nonlinear equationsExternal link (2021-2026)
Projektleitung: Prof. Dr. Dietmar GallistlExternal link, Institut für Mathematik

GlobalLIT - Global Literary TheroryExternal link
(2018 - 2024)
Projektbeteiligung: Prof. Dr. Diana Forker, Insitut für Slawistik und Kaukasusstudien

PyraSig - Pyrazine Signalling in Commensal and Pathogenic BacteriaExternal link (2018-2023)
Projektleitung: Prof. Dr. Kai PapenfortExternal link, Institut für Mikrobiologie

BinGraSp - Modeling the Gravitational Spectrum of Neutron Star BinariesExternal link (2017-2022)
Projektleitung: Prof. Dr. Sebastiano BernuzziExternal link, Theoretisch-Physikalisches Institut

PECS - Powerful and Efficient EUV Coherent Light SourcesExternal link (2009-2013)
Projektleitung: Prof. Dr. Jens Limpert, Institut für Angewandte Physik

 

ERC Consolidator Grants

TOUCHNET - Touch-induced brain network signatures for social processing and stress reduction de (2025-2030)
Projektleitung: Prof. Dr. Ilona Croy de, Lehrstuhl für Klinische Psychologie

STAIN-IT - Non-invasive computational immunohistochemical staining based on deep learning and multimodal imagingExternal link
(2023-2028)
Projektleitung: Prof. Dr. Thomas BocklitzExternal link, Leibniz-Institut für Photonische Technologie

ArtRNA - Artificial RNA regulators to probe, control, and design gene regulatory networks in bacteriaExternal link (2023-2028)
Projektleitung: Prof. Dr. Kai PapenfortExternal link, Institut für Mikrobiologie

APATHES - Assessing Philosophical Authors and Texts from Herculaneum and elsewhere on Early Stoicism: Insights into ancient logic, physics, and ethics towards a new von ArnimExternal link (2023-2028)
Projektleitung: Prof. Dr. Christian Vassallo, ERC Grantee hat die Friedrich-Schiller-Universität Jena mit seinem Grant bzw. Teilprojekt verlassen

InspiReMExternal link - Modeling binary neutron star from inspirals to remnants and their multimessenger emissions (2023-2028)
Projektleitung: Prof. Dr. Sebastiano BernuzziExternal link, Institut für Theoretische Physik

DiversiPHI - Predicting the evolution of complex phage-host interactionsExternal link (2021-2025)
Projektleitung: Prof. Dr. Bas Dutilh,External link Institut für Biodiversität

e-MICROBe - Energizing microbes with redox mediators for new bioproductionsExternal link
(2020-2025)
Projektleitung: Prof. Dr. Miriam Agler-RosenbaumExternal link, Leibniz Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie

SEED - Solvated Ions in Solid Electrodes: Alternative routes toward rechargeable batteries based on abundant elementsExternal link (2020-2025)
Projektleitung: Prof. Dr. Philipp Adelhelm, ERC Grantee hat die Friedrich-Schiller-Universität Jena mit seinem Grant bzw. Teilprojekt verlassen

QUEM-CHEM - Time- and space- resolved ultrafast dynamics in molecular-plasmonic hybrid systemsExternal link (2018-2023)
Projektleitung: Prof. Dr. Stefanie GräfeExternal link, Institut für Physikalische Chemie

UTOPES - Unifying concepts in the topological design of non-crystalline materialsExternal link (2016-2022)
Projektleitung: Prof. Dr. Lothar WondraczekExternal link, Otto-Schott-Institut für Materialforschung

ACOPS - Advanced Coherent Ultrafast Laser Pulse StackingExternal link (2014-2019)
Projektleitung: Prof. Dr. Jens Limpert, Institut für Angewandte Physik

ERC Advanced Grants

AnoxyGen - Harnessing Specialized Metabolism from AnaerobesExternal link
(2025-2029)
Projektleitung: Prof. Dr. Christian HertweckExternal link; Leibniz-Insitut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie

HITHOR - Highly Ionized Trapped 229-Thorium: A New Paradigm Towards a Nuclear ClockExternal link
(2024-2029)
Projektleitung: Prof. Dr. Thomas StöhlkerExternal link; GSI Helmholtzzentrum für Schwerionenforschung GmbH

FutureBAT - Future storage systems for the energy transition: Polymer-based redox-flow batteriesExternal link (2023-2028)
Projektleitung: Prof. Dr. Ulrich S. Schubert de, Institut für Organische Chemie und Makromolekulare Chemie

AMP-Alarm - Diadenosine Polyphosphate Alarmones as Drivers for Protein AMPylationExternal link
(2021-2026)
Projektleitung: Prof. Dr. Andreas Marx de, Präsident der Universität Jena, das ERC Projekt wird an der Universität Konstanz koordiniert

SALT - High-Flux Synchrotron Alternatives Driven by Powerful Long-Wavelength Fiber LasersExternal link (2019-2024)
Projektleitung: Prof. Dr. Jens Limpert, Institut für Angewandte Physik

MIMAS - Multi-dimensional interferometric amplification of ultrashort laser pulsesExternal link (2015-2020)
Projektleitung: Prof. Dr. Andreas Tünnermann, Institut für Angewandte Physik

ERC Synergy Grant

ATHENS - Active Hybrid Photonic Integrated Circuits for Ultra-Efficient Electro-Optic Conversion
and Signal Processing de(2024-2030)
Projektleitung: Prof. Dr. Carsten Ronning de, Arbeitsgruppe Physik nanoskaliger Festkörper

USMILE - Understanding and Modelling the Earth System with Machine LearningExternal link (2020-2026)
Projektbeteiligung: Prof. Dr. Joachim DenzlerExternal link, Institut für Informatik

ERC Proof-of-Concept Grant

enjulii - Entropic rejuvenation of thin glass products by liquid metal immersionExternal link (2021-2022)
Projektleitung: Prof. Dr. Lothar WondraczekExternal link, Otto-Schott-Institut für Materialforschung

Ongoing H2020 projects coordinated by the Friedrich Schiller University of Jena

POLYSTORAGE - European Training Network in innovative polymers for next-generation electrochemical energy storageExternal link (2019-2023) 
Spokesperson: Prof. Dr. Ulrich S. Schubert de

VIROINF - Understanding (harmful) virus-host interactions by linking virology and bioinformaticsExternal link (2020-2024) 
Spokesperson: Prof. Dr. Manja MarzExternal link

Carl Zeiss Foundation Center for Quantum Photonics Jena-Stuttgart-Ulm - CZS Center QPhotonExternal link
Directors:
Prof. Dr. Andreas TünnermannExternal link
Prof. Dr. Tilman Pfau (Uni Stuttgart)
Prof. Dr. Joachim Ankerhold (Uni Ulm)

Smart substrates:Switchable interfaces based on multiresponsive hyprid materialsExternal link (2020 -2025)
Spokesperson: Prof. Dr. Lothar Wondraczek

Identification and manipulation of the physiological and psychological clocks of the lifespan (IMPULS) (2021-2026)
Spokesperson: Prof. Dr. Christoph Englert

Interactive Inference (2022 - 2028)External link
Spokesperson: Prof. Dr. Joachim Giesen 

Sensorized surgery: otically guided precision surgery through real-time AI-interpreted multimodal imaging with continuous sensory feedbackExternal link (2023-2029)
Spokesperson: Prof. Dr. Orlando Guntinas-LichiusExternal link

Upgrading lignin for fair raw materials (LignUp)External link (2024-2030)
Sprecher: Prof. Oschatz

Synthetic therapeutic microbes for tailored antimicrobial therapies (SynThera)External link (2025 -2030)
Sprecher: Prof. Papenfort

Information on projects funded by Thuringia from ERDF and ESF funds.